Stichting Jan Dijker zet zich in voor behoud van het werk  van Jan Dijker. Veel panden waarop zijn kunst nagelvast is aangebracht, worden momenteel gesloopt omdat de gebouwen niet meer voldoen aan de eisen van nu. Met de sloop van de panden, loopt ook de kunst van Dijker gevaar. Een overzicht van kunstwerken dat momenteel bedreigd wordt met sloop of door verval ten gevolge van verwaarlozing of modernisering van gebouwen:

Glaswand, Gemini Ziekenhuis in Den Helder, 1982.
Het ziekenhuis verkeert in geldnood, mogelijk gaat het sluiten. De toekomst van de ramen is dan ongewis.

Betonwand, Katholieke academie voor lichamelijke opvoeding (later: Fontys Hogeschool) in Tilburg, 1967.
De wand is reeds gedemonteerd en is opgeslagen door de gemeente Tilburg. Hij wordt mogelijk herbestemd in de spoorzone van Tilburg.

Mozaïekwand, Mulo Saint Jean Baptiste de la Salle, (later: scholengemeenschap de Rooi Pannen) in Tilburg, 1963.
Het schoolgebouw is gesloopt in 2012. Het mozaïek is opgeslagen door de gemeente Oisterwijk. Het vindt waarschijnlijk zijn herbestemming in de Leerfabriek, Almijstraat 14 in Oisterwijk.

Wandschildering uit Sint Annaziekenhuis te Geldrop, 1972.
Na de laatste verbouwing vond men de wandschildering niet meer in de huisstijl passen en hij werd weggehaald. De panelen staan momenteel opgeslagen bij een particulier.

Sint Lambertuskerk Helmond: Verrijzenis van Christus, glas-in-lood raam, 1950.
Sinds een verbouwing staat het raam in het ketelhuis: de architect van de laatste verbouwing vond het niet harmoniëren met de overige ramen.